Klasterī instalētā lietojumprogrammatūra

Klasterī ir instalētas dažādu zinātnes jomu lietojumprogrammatūras un programmēšanas rīki. 

Atvērtā koda lietojumprogrammatūra: 

Inženierzinātnes 

  • ANSYS (2019-R1)
  • Comsol Multiphysics (ver. 5.3a)
  • MathWorks MATLAB (ver. R2018b)
  • Network-simulator NS-2 (ver. 2.34)
  • OpenFoam (ver. 2.4, 5.0)
  • Peridigm (ver. 1.5)
  • SalomeMeca (ver. 2015)
  • Scilab (ver. 5.4) 

Skaitļošanas ķīmija

  • CP2K (v6.1)
  • GROMACS (ver. 2018-2)
  • Schrodinger (2018-4)2020-2)  

Bioiformātika/genomika

  • bcl2fastq (ver. 1.8.4)
  • Bcftools (ver. 1.10.2)
  • Bowtie2 (ver. 2.4.1) 
  • Bracken (ver. 2.5) 
  • Kraken2 (ver. 2.0.9-beta) 
  • Samtools (ver. 1.9, 1.10) 
  • STAR (ver. 2.7.5c 

Cita 

  • Agisoft PhotoScan   
  • Blender (ver. 2.7)  
  • Hashcat 
  • R (ver. 3.4.0, 3.5.3, 3.6.3) 

Programmēšanas rīki un kompilatori

  • Perl (ver. 5) 
  • GNU Compiler Collection (ver. 4.8.5, 5.4.0,7.3.0, 8.3.0) 
  • OpenMPI (ver. 1.10.7, 3.1.1) 
  • Conda/Anaconda (ver. 4.7.5) 
  • CUDA Toolkit (ver. 8.0, 9.2, 10.1)  
  • Python (ver. 2.7, 3.6) 
  • Intel Parallel Studio (ver. 2015)/ IntelMPI (ver. 4.0.3) 
  • Jaer 1.8.1 

Pēc lietotāja lūguma var tikt instalēta papildus lietojumprogrammatūra vai esošās cita versija. Uz klastera tiek izmantoti Centos, EPEL un OpenHPC repozitoriji, kas administratoriem ļauj ātri un ērti uzstādīt virkni jau iepriekš kompilētu lietojumprogrammu. OpenHPC repozitorijā iekļautie rīki noskaidrojami šajā sarakstā: https://github.com/openhpc/ohpc/wiki/Component-List-v1.3.8. 

Lietotāji var paši instalēt/kompilēt programmatūru savā lietotāja apgabalā, ja instalācijas process neprasa administratora (root) tiesības. 

Lietojumprogrammu izmantošanas piemērus un uzdevumu skriptus meklējiet klastera direktorijā: /opt/exp_soft/user_info 

Atsevišķām programmām lietošanas instrukcijas arī HPC centra mājaslapā: http://hpc.rtu.lv/hpc-programmatura/