Pieslēgšanās
Darbs ar datoru klasteri notiek attālināti caur internetu, pieslēdzoties speciālam piekļuves serverim (login node), kur ir instalēta Centos7 Linux operētājsistēma ar speciāliem klastera un uzdevumu pārvaldības rīkiem. Pēc pieslēgšanās varēsiet lietot komandrindu ar Unix komandām. No komandrindas var izsaukt arī grafiskus rīkus/logus. Par klastera lietošanu grafiskā režīmā (X Windows vai Remote Desktop) lasiet sadaļā Klastera lietotāju saskarnes (interfeisi).
Komandrindas piekļuves parametri
Primārā servera adrese: ui-1.hpc.rtu.lv
Rezerves (ui-1 kopija): ui-2.hpc.rtu.lv
Protokols: SSH
Ports:22
Autentifikācijai tiek izmantots lietotājvārds un parole, kuru saņēmāt, reģistrējoties klastera lietošanai.
Piekļuve tiek nodrošināta no jebkuras IP adreses.
Piekļuves rīki
Pieslēgšanas klasterim notiek, izmantojot Secure Shell (SSH) savienojumu. Windows operētājsistēmā šim nolūkam var izmantot programmu PuTTY (lejupielādējiet no: http://www.putty.org/). Ievadāmie parametri doti augstāk sadaļā Komandrindas piekļuves parametri. Piemērs parādīts attēlā zemāk.
Pēc savienojuma atvēršanas tiek pieprasīts lietotājvārds un parole. Pēc to ievadīšanas ir iespēja lietot attālu termināli ar Unix komandām.
Lietojot Linux vai MacOS operētājsistēmu, pieslēgties klasterim ar SSH palīdzību iespējams, atverot komandrindu (terminal) un izpildot komandu:
ssh -p [port] [username]@ui-1.hpc.rtu.lvPiemēram:
ssh -p 22 lauris@ui-1.hpc.rtu.lv Komandu izpilde uz piekļuves servera (arī lietojumprogrammas GUI atvēršana) vēl nenodrošina, ka uzdevums automātiski izpildīsies uz skaitļošanas mezgliem. Tam nepieciešams izmantot uzdevumu pārvaldības rīkus, kas aprakstīti sadaļā Uzdevumu pārvaldība.
Aicinām piekļuves serveri izmantot failu kopēšana uz/no klastera, uzdevumu sagatavošanai, ievietošanai rindā, monitoringam, īsu (<5 min.) uzdevumu testēšanai, kompilēšanai uz dažiem kodoliem.
Lietotāja darba apgabals
Katram lietotājam ir izveidots darba apgabals, kur var glabāt ar uzdevumiem saistītos failus. Pieslēdzoties piekļuves servera komandrindai, automātiski nonāksiet savā darba direktorijā:
/home/usernameDirektorija ir kopīga visiem klastera mezgliem un piekļuves serverim (NFS – Network File System), tāpēc nav nepieciešama failu kopēšana uz un no izpildes mezgla vai starp mezgliem. Tas nozīmē – ja iekopēsiet failu piekļuves serverī, tas būs pieejams arī visos citos mezglos. Tāpat – visas izmaiņas, ko veiksiet failiem piekļuves serverī, atainosies arī mezglos.
Savā darba apgabalā lietotājs var arī instalēt/kompilēt klasterī izmantojamu lietojumprogrammatūru, ja instalācijas process neprasa administratora (root) tiesības.
Failu kopēšana
Lai ērti kopētu failus no sava datora uz klastera piekļuves serveri, MS Windows lietotāji var izmantot, piemēram, WinScp vai Far failu menedžeri. WinScp var lejupielādēt šeit. Pieslēgšana notiek līdzīgi kā ar PuTTY.
Kreisajā pusē būs redzami Jūsu datora faili, labajā – darba apgabals klasterī. Varat pārvilkt failus ar peli no viena loga uz otru:
MacOS vai Linux operētājsistēmā izmantojiet komandrindas SCP komandu vai jebkuru jums ērtu grafisko rīku. Piemērs faila kopēšanai no Linux komandrindas:
scp –r my.file username@ui-1.hpc.rtu.lv:Lietojumprogrammu moduļu lietošana
Lai sagatavotu klastera vidi dažādu lietojumprogrammu, kompilatoru, bibliotēku izmantošanai, lietotāji var izmantot moduļus (Environment Modules). Izmantojot šo iespēju, lietotājiem tiek dota iespēja ērti lietot dažādas vienas un tās pašas programmas versijas, izmantot centralizēti uzstādītus rīkus, nevis instalēt/kompilēt visu pašam. Moduli ielādē ar komandu:
module load [module_name]Komanda uzstāda ceļu (PATH) uz attiecīgās programmatūras izpildāmiem failiem, bibliotēkām, kā arī citus nepieciešamos vides mainīgos.
Lai iegūtu visu iespējamo moduļu (lietojumprogrammatūru un rīku) sarakstu, izpildiet:
module avail
Linux distributīvā iekļautajiem rīkiem moduļu ielāde parasti nav nepieciešama.
Modulim jābūt ielādētam uz tā mezgla, kur tiek startēta programma. Ja uzdevums tiek izpildīts uz skaitļošanas mezgla/iem, tad modulis jāielādē arī tajā.
Noskaidrot ielādētos moduļus:
module listLai atiestatītu moduli:
module unload [module_name]Vairāk par moduļu lietošanu: http://modules.sourceforge.net/
Personīgie moduļi
Ja lietotājs kompilē programmatūru savā darba apgabalā, ir iespēja veidot arī savus moduļus. Īsumā:
- Izveido direktoriju
/home/[lietotāja vārds]/privatemodules- Ievieto šajā direktorijā savu moduli. Paraugi:
/opt/exp_soft/modulefiles- Uzsākot darbu vienmēr aktivizē privāto moduļu direktoriju (var ierakstīt:
~/.bashrcizpildot komandu
module load use.own- Pēc tam ielādē savu moduli
module load [module_name]