RTU superdators cīņā ar Covid-19
Latvijas zinātnieki ir iesaistījušies Eiropas Kodolpētniecības centra (CERN) uzsāktajos zinātnes projektos cīņai ar globālo Covid-19 pandēmiju. CERN strādājošie Rīgas Tehniskās universitātes (RTU) zinātnieki piedalās plaušu ventilatora un sejas masku izstrādē, savukārt CERN Baltijas grupas partnerinstitūcijas RTU un Latvijas Universitāte (LU), kā arī citi partneri piedāvās savus superdatorus – skaitļošanas resursus, lai zinātnieki Latvijā un pasaulē varētu nodarboties ar skaitļošanu, pētot Covid-19 un meklējot medikamentus vīrusa ierobežošanai un izskaušanai.
CERN ir ātri noreaģējis uz Covid-19 uzliesmojumu, cīņai pret pandēmiju aktivizējot savu zinātnieku kopienu – aptuveni 18 000 cilvēku – visā pasaulē. Tie ir zinātnieki, kuri strādā gan CERN, gan CERN dalībvalstīs, gan arī CERN sadarbības valstīs. Latvija vēl nav CERN dalībvalsts, taču ir iesniegusi pieteikumu un patlaban kandidē uz asociētās dalībvalsts statusu, un Latvijas zinātnieki jau ir iesaistīti CERN pretvīrusa aktivitātēs.
Aktivitātē Folding@Home pasaules zinātniskajām institūcijām un arī indivīdiem ir iespēja piedāvāt savus lieljaudas skaitļošanas resursus, lai zinātnieki visā pasaulē varētu tos izmantot, meklējot medikamentus, kas ārstē Covid-19. Minētajā aktivitātē, piedāvājot savas skaitļošanas tehnikas jaudas, pirmos soļus sper arī RTU Zinātniskās skaitļošanas jeb HPC (High Performance Computing) centrs, kura rīcībā ir jaudīga skaitļošanas infrastruktūra jeb, vienkāršāk runājot, superdators un kas ikdienā sniedz atbalstu digitālo tehnoloģiju lietošanai pētniecībā ne tikai RTU, bet arī citu institūciju zinātniekiem.
RTU HPC centrs Folding@Home iesaistās CERN Baltijas grupas sastāvā. Tieši patlaban šī grupa, kur ietilpst Baltijas vadošās augstskolas un zinātniskās institūcijas, kas sadarbojas ar CERN, apvieno spēkus, lai savus superdatorus sūtītu cīņā pret Covid-19. Infrastruktūra tam jau ir radīta iepriekš, jo, izmantojot Izglītības un zinātnes ministrijas piešķirto finansējumu, Latvijā uzsākts pilotprojekts «Federatīva skaitļošanas centra CERN Tier2 izveide», apvienojot vairāku akadēmisko institūciju augstas veiktspējas skaitļošanas resursus sadarbībai ar CERN. Projektā sadarbojas RTU un LU, un darba tehnisko koordinēšanu nodrošina uzņēmums «Dati Group», taču zinātnes «karā» pret Covid-19 tām pievienosies arī citas institūcijas, piemēram, Latvijas Nacionālā bibliotēka, kuras rīcībā arī ir jaudīgas skaitļošanas ierīces, kā arī Igaunijas un Lietuvas universitātes, kas ietilpst CERN Baltijas grupā. Akcijā Folding@Home aicināti piedalīties vēl arī citi dalībnieki, kuri savas datorjaudas var piedāvāt pasaules zinātniekiem. Pagaidām gan CERN Baltijas grupas kopprojekts ir ļoti agrīnā stadijā, taču galvenais ir panākts – partneri ir izteikuši gatavību iesaistīties un patlaban meklē veidus, kā to vislabāk realizēt.
«Svarīga ir mūsu cilvēku motivēšana darīt kaut ko lielu kopā ar pašiem gaišākajiem pasaules prātiem. Mums kā RTU un CERN Baltijas grupai ir liels gods piedalīties šajā projektā un koordinēt Baltijas ieguldījumu zinātnieku darbā pie koronavīrusa ierobežošanas,» saka T. Torims.
Pirmie testi RTU HPC centrā Covid-19 pētniecībā jau ir veikti – RTU superdatoru ir izmantojis Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs, pētot Covid-19 genomu, analizējot tā sekvences un atklājot, kādas četras mutācijas Latvijā piedzīvojis vīruss, kā arī Rīgas Stradiņa universitātes Bioinformātikas pētniecības grupa.
