Grid seminārs ķīmiķiem un materiālzinātniekiem
2010. gada 11.janvārī RTU Materiālzinātnes un Lietišķās Ķīmijas fakultātēs telpās notika seminārs par Grid tīklu infrastruktūru, BalticGrid-II projektu un Grid skaitļošanas resursu izmantošanu zinātnē. Semināra prezentācija ir pieejama šeit.
Tikšanās piedalījās 8 cilvēki – ķīmiķi, materiālzinātņu institūta un BalticGrid-II projekta pārstāvji. Semināra laikā tika apspriestas Grid resursu izmantošanas iespējas specifisku uzdevumu risināšanai un dažādu ķīmisku procesu modelēšanas iespējas.
Grid vidē ir pieejams izmantošanai samērā liels programmatūras klāsts, kas paredzēts specifiskiem ķīmiskiem aprēķiniem un modelēšanai. Piemēram, tādas programmas kā NAMD (paredzēts lielu biomolekulāru sistēmu simulācijai), Dalton (kvantu ķīmijas aprēķinu programmatūra) un daudzas citas.
BalticGrid-II skaitļošanas resursi jau tiek izmantoti ķīmisko procesu pētīšanai un modelēšanai. Piemēram, Viļņas Universitātes Teorētiskās fizikas un astronomijas institūta pētnieki nodarbojas ar nanodaļiņu īpašību izpēti, izmantojot GAMESS programmatūru. Tiek pētīta kobalta un tā oksīdu nanodaļiņu ģeometrija un elektronu struktūras, ko veido dažāds atomu skaits.
Arī Latvijā ir ķīmiķi, kas izmanto Grid savā ikdienas darbā. Laba sadarbība ir izveidojusies ar OSI (Organiskās Sintēzes Institūtu), kura pētnieki nodarbojas ar dažādu ķīmisku procesu izpēti.
Piemēram, viens no viņiem nodarbojas ar proteīnu kristalogrāfijas datu ekvilibrizāciju un proteīnu teorētisko modeļu optimizāciju ar molekulas dinamikas metodi. Struktūras, kas tiek iegūtas, izmanto molekulāram dokingam (molekulārās modelēšanas metode) un aprēķinu gaitā iegūtos rezultātus izmanto jauno ārstniecības preparātu izstrādei.
Citi savos pētījumos izmanto GAMESS kvantu ķīmijas aprēķinu programmatūru, lai, izmantojot dažādas ab initio aprēķinu metodes, aprēķināt piecvērtīgajiem silīcija savienojumiem ģeometriskos un stereodinamiskos parametrus un iegūtos rezultātus salīdzināt ar eksperimentāli iegūtajām rentgenstruktūras un KMR (kodolmagnētiskās rezonanses) datiem.
