Mācību seminārs par lieljaudas datu tīkla izmantošanu genoma datu pētījumiem
Aicinām uz mācību semināru 23. oktobrī plkst. 14:30-17:30.
Semināra programma
Semināra pirmajā daļā dzirdēsiet par genomikas datu tīkla (GDN) izmantošanu datu pārsūtīšanai (tīkla topoloģiju un galapunktiem, kā arī rīkiem ātrdarbīgai datu pārsūtīšanai) un HPC izmantošanu genomu datu analīzei. Semināra otrā daļa būs veltīta, lai demonstrētu ātrgaitas datu pārraidi, kā arī tipiskākos genomikas lietojumus uz HPC.
Seminārā uzstāsies pārstāvji no MikroTik, Rīgas Tehniskās universitātes, Rīgas Stradiņa universitātes un Latvijas biomedicīnas pētījumu un studiju centra.
Semināra darba valoda – angļu.
Semināra programma pieejama šeit.
Norises vieta un reģistrēšanās
Pasākums notiks Zoom vidē. Lai saņemtu saiti, lūgums iepriekš reģistrēties.
Lekciju materiāli
Introduction to GDN by John Martin Tully (MikroTik).
Using GDN for data transfer:
- Network topology and endpoints by Uldis Cernevskis (MikroTik);
- Tools for high speed data transfer by Aleksandrs Gutcaits (RTU).
HPC for genome data analysis by Lauris Cikovskis (RTU).
Demonstration of typical genomic use cases on HPC by Baiba Vilne (RSU) and Ivars Silamiķelis (BMC).
Demonstration of high speed data transfer and live demo by Antons Belajevs (MikroTik).
Kas ir Genomikas datu tīkls?
Genomikas datu tīkls ir MikroTik iniciatīva – universitāšu un zinātnes iestāžu savienošana ar RTU HPC ar ātrumu 100 Gb/s, lai palielinātu mērogojamību, strādājot ar lielu genomisko datu apjomu, piemēram, Covid-19. Iekārtas dāvina MikroTik, bet savienojumus nodrošina LMT (Latvijas Mobilais Telefons). Genomikas datu tīkls tiek veidots starp Rīgas Tehniskās universitātes HPC, Rīgas Stradiņa universitātes Medicīniskās izglītības tehnoloģiju centru, Latvia MGI Tech, Latvijas biomedicīnas pētījumu un studiju centru, Bērnu klīnisko universitātes slimnīcu, Latvijas Universitātes Akadēmisko centru un Rīgas Austrumu klīnisko universitātes slimnīcu.
