Apgūsti Galaxy platformas iespējas biomedicīnas datu apstrādei

Aicinām piedalīties bezmaksas Galaxy tiešsaistes kursā, kas norisināsies visas nedēļas garumā no 15. līdz 19. februārim. 

Galaxy ir interneta platforma biomedicīnas datu (piem., genoma, transkriptoma un proteoma) apstrādei, kas nodrošina plašu bioinformātikas rīku klāstu un ērtu lietošanu bez specifiskām Linux komandrindas un HPC sistēmu zināšanām. Mācības paredzētas gan tiem, kuri vēlas sākt darboties ar Galaxy, gan pieredzējušiem lietotājiem. Kurss notiks vienlaicīgi visā pasaulē, kura laikā tiks nodrošināts arī ekspertu atbalsts caur Slack kanālu. Lekcijas būs iepriekš ierakstītas, tādēļ tēmas katrs varēs apgūt sev vēlamā tempā. Reģistrētiem dalībniekiem tiks nodrošināta attālināta piekļuve Galaxy videi.

Kurss piedāvā daudzpusīgu un plašu programmu ar lekcijām un praktiskām nodarbībām: 

  • 1. diena

    Iepazīšanās ar Galaxy platformu un jaunās paaudzes sekvenēšanas (angl. new generation sequencing; NGS) datu analīze (DNS un RNS sekvenēšanas dati); 

  • 2. diena

    RNS sekvenēšanas datu analīze, pielīdzinot nolasījumus referencei; 

  • 3. diena

    Atsevišķu šūnu RNS sekvenēšanas datu analīze;

  • 4. diena

    Proteomikas datu analīze un ievads proteogenomikā;

  • 5. diena

    Izvēlies savu tēmu un sastādi savu programmu (piemēram, antibiotiku rezistence, mikrobioma analīze, SARS-Cov–2, ATAC-seq).

Sīkāka informācija un pilna pasākuma programma.

Reģistrēšanās.

Saite uz Slack kanālu būs piejama šeit pie (Support: Slack Channel). 

Arī Latvijā notiek darbs pie Galaxy platformas un rīku ieviešanas (VPP Covid-19 projekta ietvaros) uz RTU HPC skaitļošanas resursiem. Platforma jau šobrīd ir pieejama testa režīmā (https://galaxy.hpc.rtu.lv), tāpēc šis kurss ir laba iespēja iepazīties ar Galaxy sniegtajām iespējām un ērtākajiem/piemērotākajiem rīkiem, lai to sāktu izmantot savā ikdienas pētnieciskajā vai studiju darbā. Par piekļuvi https://galaxy.hpc.rtu.lv lūdzam sazināties ar RTU HPC centru: hpc@rtu.lv.  

Jautājumu gadījumā rakstiet uz hpc@rtu.lv.

Mācības informatīvi atbalsta RTU HPC centrs un projekts Eiropas HPC kompetences centru projekts (EuroCC) Latvijā.